Номер едно причина за съвременните изчезвания на животни е разрушаването на среда обитания. Това може да е резултат от изрубване на гори, урбанизация и климатични промени. Когато средата обитания на едно животно е унищожена, то губи достъп до храна и укритие и става по-уязвимо на хищници.
Разрушаване на среда обитания е голяма заплаха за биодиверзитета и се оценява, че е отговорно за изчезването на повече от 90% от животинските видове, загубени през миналия век.