Оценките за общата популация на императорски пингвин варират в широк диапазон. През 1980-те и началото на 1990-те години оценките на популацията варират от около 400 000 до 500 000 гнездящи двойки. Съвсем наскоро изследователите предложиха по-висока оценка на популацията, варираща от около 600 000 до 800 000 размножаващи се двойки, което се равнява на около 1,2 милиона до 1,6 милиона индивидуални императорски пингвини.
Важно е да се отбележи, че тези оценки на популацията се основават на научни проучвания, моделиране и анализ на сателитни изображения, но получаването на точни числа за тези отдалечени антарктически популации остава трудно. Разпределението на колониите от императорски пингвини и техните модели на размножаване, които често се срещат върху морския лед, правят изчерпателните преброявания предизвикателство.