Индийските летящи лисици се сблъскват с природни хищници, включително птици-грабители, змии и бозайници като леопарди и цивети.
Човешките заплахи като загуба на habitat, лов и болести са равно сериозни. Летящите лисици се защитават чрез полет, групово гнездование, бдителност и гласни предупредителни повици.