- Загуба на местообитания и деградация: Африканските пингвини разчитат на крайбрежните местообитания за развъждане, гнездене и хранене, но тези местообитания се заплашват от човешки дейности като крайбрежно развитие, замърсяване и свръх риболов. По -специално крайбрежното развитие доведе до унищожаване или фрагментация на местата за гнездене.
- Надлобие: Африканските пингвини също са застрашени от свръхлов, тъй като разчитат на риба за диетата си. Прекомерният риболов може да намали наличието на храна за африканските пингвини и да затрудни да оцелеят. Определени видове риби, на които разчитат африканските пингвини, се преодоляват за целите на консумацията и отдих.
- Климатични промени: Климатичните промени са друга основна заплаха за африканските пингвини. Повишаването на морските нива и промените в океанските температури могат да нарушат размножителния цикъл на пингвините, да намалят снабдяването им с храна и да доведат до унищожаване на техните места за гнездене.
- замърсяване: Замърсяването от различни източници, включително разливи на нефт, пластмасови отпадъци и изпускане на канализацията, също може да има отрицателно въздействие върху африканските пингвини. Нефтените разливи могат да покрият перата си, което ги прави неспособни да регулират телесната си температура и водоустойчиви телата си, което води до смърт. Пластмасовите отпадъци могат да бъдат погълнати от пингвини и да причинят блокиране в храносмилателните им трактори, а изхвърлянето на канализацията може да замърси хранителните им източници.
- хищничество: Африканските пингвини са изправени пред заплахи от хищници, както на сушата, така и в морето. На сушата те могат да бъдат нападнати от мангони и котки, докато са в морето, те могат да бъдат плячкани от акули и други големи морски хищници.
Всички тези фактори са допринесли за спада на населението на африканските пингвини, което води до тяхната класификация, застрашена от Международния съюз за опазване на природата (IUCN). В ход са усилия за опазване за справяне с тези заплахи и защита на останалите популации на африкански пингвини.