Има два основни вида биологични микроскопи:комбинирани микроскопи и дисекционни микроскопи. Сложните микроскопи използват две лещи, обективна леща и леща на окуляра, за да увеличат изображението на обекта. Лещата на обектива се намира в долната част на микроскопа и фокусира светлината върху образеца. Лещата на окуляра е разположена в горната част на микроскопа и увеличава изображението, създадено от лещата на обектива. Дисекционните микроскопи имат само една леща, лещата на обектива, и се използват за разглеждане на по-големи образци, които не изискват толкова голямо увеличение.
Биологичните микроскопи могат да бъдат оборудвани с различни аксесоари, като източници на светлина, филтри и етапи. Източниците на светлина осигуряват осветяване на образеца. Филтрите могат да се използват за промяна на цвета или интензитета на светлината. Стъпките се използват за задържане на образеца на място.
Биологичните микроскопи са основни инструменти за изучаване на микроскопичния свят. Те позволяват на изследователите да наблюдават и анализират клетки, тъкани и микроорганизми в детайли.