Пеликаните се сблъскват с няколко природни хищници, особено когато са млади или уязвими. Възрастните пеликани са застрашени предимно от големи влечуги като алигатори и крокодили, както и от мощни хищни птици, включително орли, ястреби и сови.
Яйцата и птенцата са при дори по-голяма опасност, с змии,койоти и еноти, известни, че ловят те. Тези хищници оформят поведението и стратегиите за гнездообразуване на пеликаните в дивата природа.