Мухите преминават через пълна метаморфоза: яйце, личинка, куколка и възрастен. Само възрастните самки отлагат яйца, и само след зарастване.
Времето за отлагане зависи от вид, температура, влажност, светлина и наличност на ресурси. Самките търсят подходящи местаобитания – като разлагаща се храна, боклук, навой, компост, стояча вода или почва – където личинките могат да оцелеят.
Една самка може да отложи стотици или хиляди яйца за живота си. След излизане, личинките излизат и започват да се хранят с органни материали.
Разбирането на размножаването на мухите е съществено за ефективно управление на вредители.