Жълтоочите пингвини се сблъскват с множество заплахи:
- Загуба на жилище: брегова градоустройба и изрубяване деградират райони за размножаване и хранеене.
- Човешко смущаване: каяк, риболов и рекреация напрегат гнездещи птици.
- Хищничество: въведени хермини, плъхове, кучета и котки грабят гнезда и убиват пингвини.
- Болести: епидемии се разпространяват бързо в малки популации с ограничено генетично разнообразие.
- Климатични промени: повишаване на морето, бури и променени течения засягат храна и гнездовища.
- Придобив: пингвини се удушават в риболовни мрежи.
- Конкуренция: инвазивни видове конкурират за храна и гнездовища.
Защитата им изисква запазване на жилища, контрол на хищници, управление на болести и климатични действия.