Не можете надеждно да определите пола на лысоглавите орли въз основа на физически характеристики, освен ако не сравнявате две личности странично, тъй като самките са малко по-големи от самците. Възрастни самци и самки имат подобен размер, оцветяване, маркировки и вокализации.
Един точен метод е генетично тестване или молекуларно определяне на пола, което анализира ДНК на птица за идентифициране на маркери, различаващи самците от самките.