Не можете надеждно да определите пола на плешивите орли въз основа на физически характеристики като размер или външен вид, освен ако не сравнявате два индивида един до друг:жените са склонни да са малко по -големи от мъжете. Освен това, както възрастни жени, така и мъжки плешиви орли имат сходни размери, оцветяване, маркировки и вокализации.
Един от начините за точно определяне на пола на плешив орел е чрез генетично изследване или молекулярно сексуално положение, което включва анализ на ДНК на птицата за идентифициране на специфични генетични маркери, които се отличават между мъжете и жените.