Харпийските орли са врхови хищници на върха на хранителната верига. Въпреки своя огромен размер и мощен полет, те нямат естествени хищници, освен хората. Те ловят големи птици, маймуни, ленивци и малки до средни бозайници, помагайки за поддържане на екологичното равновесие в техните дъждови среди обитание.