Филипинският орел пресърди предимно летящи лемури (колуго), катерици, маймуни и други малки до средни гора бозайници. Конкретни добивчета включват гигантски летящи катерици и филипински макак. Възможно е да ловят плъхове, прилепи и други малки бозайници. Като върхови хищници, те нямат естествени хищници и използват мощни когти за ефективно улавяне на добыв.