В плешивите орли основните екскретични органи са бъбреците. Бъбреците играят жизненоважна роля за филтриране на отпадъчните вещества, като урея и креатинин, от кръвта. След това тези отпадъчни продукти се транспортират до Cloaca, която е често срещана камера за храносмилателната, урина и репродуктивните системи. От Cloaca отпадъчните продукти се елиминират от тялото под формата на урина.
В допълнение към бъбреците, черният дроб също играе значителна роля за детоксикацията и елиминирането на метаболитните отпадъци в плешивите орли. Черният дроб преобразува токсични вещества в по -малко вредни форми, които след това могат да бъдат екскретирани по -ефективно. Черният дроб също играе роля за производството на жлъчка, която помага за усвояването на мазнините и премахването на отпадъчните продукти чрез изпражненията.