Докато плешивите орли обикновено са хищници на върха (в горната част на хранителната верига), те могат да бъдат плячкани от други животни, включително други хищни птици, като Голямата рогана сова, която може да атакува плешиви орли в гнездата им. Мечките и вълците също могат от време на време да убиват и ядат плешиви орли. В някои случаи хората могат също да представляват заплаха за плешивите орли, чрез лов или унищожаване на местообитания.