1. сладка вода: Те обикновено се срещат в сладководни местообитания като езера, водоеми и реки. Те могат да процъфтяват както в стоящи, така и в течащи водни тела.
2. Морска среда: Някои хаонофлагелати се намират в морска среда, включително крайбрежни води и открити океани. Те могат да бъдат намерени на различни дълбочини, от плитки крайбрежни райони до дълбоки океански води.
3. Почва: Някои видове хаонофлагелати могат да бъдат намерени във влажни почви и наземни среди. Те могат да обитават порите и микробитатите на почвата, богати на органична материя и влага.
4. Симбиотични отношения: Някои хаонофлагелати образуват симбиотични връзки с други организми. Например, някои видове живеят във връзка с морски безгръбначни като гъби или корали, където допринасят за придобиването на хранителни вещества и отбраната на гостоприемника.
5. Екстремни среди: Някои хаонофлагелати са се приспособили да оцелеят в екстремни среди, като горещи извори, кисели води или среда с високи концентрации на сол. Те проявяват уникални адаптации, които им позволяват да процъфтяват в тези предизвикателни условия.
Специфичното предпочитание на местообитанието на определен хаонофлагелатен вид зависи от неговите физиологични адаптации и екологични изисквания. Тези организми заемат различни местообитания, вариращи от сладководни екосистеми до морска среда и дори земни условия.