Загуба и фрагментация на местообитания :Естественото местообитание на костенурките все повече се унищожава или фрагментира от човешки дейности, като селско стопанство, урбанизация и минно дело. Това намалява наличието на храна и местата за гнездене и увеличава тяхната уязвимост към хищници и болести.
Промяна на климата :Климатът бързо се затопля в района, където живее афганистанската костенурка. Това причинява промени в местообитанието на костенурките, което ги прави по-трудни за оцеляване и размножаване.
Болест :Костенурките също са податливи на различни заболявания, включително респираторни инфекции, гниене на черупката и инфекции на очите. Тези заболявания могат да се разпространяват чрез контакт с други заразени животни или чрез замърсена храна или вода.
Колекция :Костенурките се събират за търговия, храна, домашни любимци и други цели, което е довело до намаляване на популацията им.