Алпийският влажен плъх е застрашен заради загуба и фрагментация на обитанието в алпийската и субалпийска гора, движени от вырубка на гори и климатични промени. Въведени чужеродни хищници като диви котки, кучета и невестулки натискат популацията. Болестите могат да се разпространяват бързо сред плъховете, а ловът за козина и месо допълнително намалява техния брой.