- Алпийският вълнест плъх заема специфичен тип местообитание, т.е. алпийски и субалпийски гори. Тези местообитания бързо изчезват поради различни фактори като обезлесяването и изменението на климата.
Въвеждане на неместни хищници
- Въвеждането на неместни хищници като диви котки, кучета и невестулки оказа огромен натиск върху населението.
Болест
- Плъховете са силно податливи на болести и въвеждането на нови болести може да се разпространи бързо сред популацията, което води до намаляване на популацията.
Лов
- Алпийският вълнест плъх се преследва заради козината и месото му, което допълнително намалява числеността на популацията му.