Императорските пингвини изграждат гнездата си под формата на „скупчици“, които са плътно опаковани групи от индивиди, сгушени заедно за топлина и защита от екстремното антарктическо време. Тези групи могат да варират по размер от няколко десетки до няколко хиляди пингвини.
В рамките на скупчванията императорските пингвини създават отделни гнезда, използвайки сняг и лед. Те изстъргват плитка вдлъбнатина в снега и я постилат с пера, образувайки грубо, но ефективно гнездо, в което да държат яйцата си. Гнездата обикновено са с диаметър от 10 до 12 инча и дълбочина само няколко инча.
Важно е да се отбележи, че императорските пингвини са единственият вид пингвини, които снасят яйцата си през зимата. Повечето други видове пингвини се размножават през топлите летни месеци.