Лов: Заекът от Lower Keys някога е бил ловуван за храна и козина и въпреки че сега е официално защитен, все още има незаконен лов.
Заболяване: Заекът Lower Keys е податлив на различни заболявания, включително туларемия, която е бактериално заболяване, което може да бъде фатално за зайците. Туларемията се разпространява от кърлежи, а местообитанието на заека в Лоуър Кийс е дом на много кърлежи.
Хищничество: Заекът Lower Keys е плячка на различни животни, включително змии, сови и ястреби. Въвеждането на неместни хищници, като котки, също е допринесло за намаляването на заека от Долни ключове.
Промяна на климата: Изменението на климата също е основна заплаха за заека от Долни ключове. Повишаването на морското равнище наводнява местообитанието на заека, а по-екстремните метеорологични явления, като урагани, унищожават храната и подслона му.