Разлагане :След като организмът умре, тялото му претърпява бързо разлагане от микроорганизми като бактерии и гъбички. Този процес разгражда органичната материя, оставяйки малък шанс за запазване на целия организъм.
Тафономия :Тафономията се отнася до процесите, които засягат организъм, след като той умре и се превърне във вкаменелост. Тези процеси включват почистване, транспортиране от вода или вятър и излагане на елементи като слънчева светлина и дъжд. Тези фактори могат да разпръснат или повредят останките на организма, което прави малко вероятно цялото тяло да бъде запазено заедно.
Условия за съхранение :Необходими са определени условия за запазването на вкаменелости, включително бързо погребване за предотвратяване на гниене, правилния тип седимент за защита на останките и липсата на разрушителни геоложки процеси като ерозия. Тези условия рядко се срещат заедно, което прави запазването на цели организми предизвикателство.
Време и геоложки процеси :По-голямата част от вкаменелостите, които се образуват, в крайна сметка биват унищожени или променени през геоложкото време. Динамичните процеси на Земята, като изграждане на планини, вулканична дейност и ерозия, могат да деформират, счупят или ерозират скали, съдържащи вкаменелости, като допълнително намаляват шансовете за намиране на пълни вкаменелости.
Рядкост :В някои случаи първоначалната популация на даден вид може да е била малка и локализирана или само определени индивиди може да са живели в среда, благоприятна за вкаменяване. Тази рядкост може да затрудни намирането на множество екземпляри, да не говорим за цели организми.
В резултат на тези фактори повечето вкаменелости са фрагментарни, представляващи само части от организми, като кости, зъби, черупки или листа. Рядкото срещане на цели животински и растителни вкаменелости ги прави изключително ценни за палеонтологични изследвания и разбиране на древните екосистеми.