Домшките мухи имат много естествени врагове:
- Паяци ги улавят в своите мрежи.
- Птици като скърци и синички ги улавят в полет.
- Гъщери като геккони и хамелони ги улавят по стените.
- Жаби и ропи използват лепкавите си езици, за да уловят мухите.
- Богомоли ги засаждат от засада.
- Мухоловки (венерина мухоловка) ги улавят със специализирани листа.
- Мухобойни ленти използват лепкав хартиен или примамци.
- Пестициди могат да ги убият, но трябва да се използват внимателно, за да не се навредят други животни и хора.