Дюгонгите са уязвим вид, и убиването им е незаконно в повечето държави. Те са заплашени от загуба на биотоп, за плътене в рибарска уреди, удари от лодки, браконьерство и климатични промени. Природни причини включват хищничество и болести.
Защитните усилия се фокусират върху пазене на техните морски тревища и осигуряване на оцеляването им. Организации като Световен фонд за природата и Проект за защита на дюгонгите и морски тревища работят за тяхната защита.