Малкото морско конче има слой от специализирани клетки, наречени хроматофори в кожата си. Хроматофорите съдържат пигментни гранули, които могат да бъдат диспергирани или концентрирани, за да променят цвета на кожата. Морското конче също има мрежа от малки мускули, които могат да контролират движението на хроматофорите. Това позволява на морското конче бързо да промени цвета си, за да съответства на околните корали.
Освен че променя цвета си, малкото морско конче може да променя и структурата на кожата си. Това се постига от втори тип специализирани клетки, наречени дермални папили. Дермалните папили са малки, месести издатини, които могат да се повдигат или спускат, за да се промени структурата на кожата. Малкото морско конче използва тази адаптация, за да съответства на структурата на коралите около него, което го прави още по-трудно забелязване от хищниците.
Способността на малкото морско конче да се маскира е от съществено значение за неговото оцеляване. Това им позволява да се слеят със заобикалящата ги среда и да избегнат изяждането им от хищници. Също така е полезно, когато ловуват плячка, тъй като могат да използват камуфлажа си, за да нападнат плячката си от засада.