Мегалодон не се е "формирал" в смисъл на изкуствено създаден. Това е естествено еволюирал вид акула, който се развива и процъфтява по това време. Подобно на всички други видове, съществуването и характеристиките на Megalodon са били оформени чрез процесите на естествен подбор и адаптиране към околната среда в продължение на милиони години.
Мегалодон еволюира от по-малки предшественици в рода Otodus. С течение на времето определени видове в рамките на тази линия претърпяха благоприятни генетични мутации, които им позволиха да станат по-големи по размер и да развият по-силни челюсти и зъби, което доведе до появата на мегалодон. Наличието на изобилна плячка и условията на околната среда през епохите на миоцена и плиоцена също допринесоха за успеха и господството на мегалодон в неговата екосистема.