Естуариумите са чупливи поради няколко пресичащи се уязвимости:
- Чувствителност към засягане: смесването на пресна и солена вода причинява загрязнители да персистират и нагъстяват.
- Промяна на местообитание: дрежиране, усушаване на земя и развитие унищожават жизненоважни местообитания.
- Прерибарстване: неудържимо излов изчерпва рибни запаси и място за размножаване.
- Добив на ресурси: добив на пясък, гълъб или нефт нарушава физическата структура и потока.
- Климатични промени: по-високо ниво на морето, закисляване и сдвигове в солеността дестабилизират екосистемата.
Защитата на естуариумите изисква комплексно управление, опазване и устойчиви практики.