* copepods: Малки ракообразни, които са често срещан хранителен източник за много морски животни.
* Амфиподи: Друг вид малки ракообразни.
* ларви: Младите форми на други морски безгръбначни.
Те използват дългите си муцуни, за да смучат тези мънички същества от водата. Те са много придирчиви и често се специализират в храненето на определени видове зоопланктон, в зависимост от местообитанието им и наличието на храна.
Заслужава да се отбележи, че пигмейските морски кончета са изключително малки (често по -малко от инч) и живеят в тясна връзка със специфични видове корали, което затруднява изучаването на диетата им подробно.