Протеините се произвеждат чрез протеин синтез, който включва транскрипция на генетична информация от ДНК към РНК и последващ превод на РНК в протеин. Този процес е по същност един и същ във всички организми, включително риби и хора.
Въпреки това, могат да съществуват различия в специфичните протеини, произведени от различни видове, както и в регулацията на протеин синтеза. Например, някои протеини могат да се експресират в различни количества или в различни времена. Допълнително, някои организми могат да имат уникални протеини, не намерени в други.