Аквариумната химия може да изглежда застрашително сложна. Въпреки това затворената аквариумна екосистема е сравнително лесна за управление. Общо взето пресноводният аквариум съдържа само няколко важни химични съединения. Освен вода, няколко други органични и неорганични съединения циклират през системата.
Разтворен кислород (Dissolved Oxygen)
Критичен за живучестта. Описва свободни молекули O2, не свързани с азот, амоняк или вода, разтворени в самата вода. Някои риби (бети, гурами) преживяват в килородено-бедни среди. Други (зебра даннио) изискват бързо течеща вода с много разтворен кислород. Филтри, въздушни помпи и живи растения увеличават разтворения кислород.
Нитрит (Nitrite)
Органичен хранителен състав, силно токсичен за почти всички пресноводни риби. Нитритите са страничен продукт от рибния метаболизъм и разграждане на органна материя. В нов аквариум, където азотният цикъл не е установен, нитритите са опасно високи. Само редовни смени на вода предотвратяват проблема, докато аквариумът „циклира“ от подходящи бактерии.
Нитрат (Nitrate)
Специализирани бактерии превръщат нитрит в нитрат – значително по-малко токсичен. Повечето риби процъфтяват при <20 ppm, но оцеляват до 60 ppm. Живите растения абсорбират нитрат като ключов нутриент за растеж и фотосинтез.
Фосфат (Phosphate)
Друг органичен нутриент. Не е силно токсичен, но предизвиква рязък растеж на водорасли. Ако има големи цъфтове – вероятно виновати са високите фосфати. Водопроводна вода, гниене на растения и рибна храна въвеждат фосфати. Въпреки че поддържат бентични растения, открими фосфати не са необходими за здравето на аквариума.
Амоняк (Ammonia)
Най-големият враг на аквариумиста и една от най-честите причини за смърт. Като нитрит и фосфат, възниква при разграждане на органна материя. Високи нива предизвикват мочевиден мириз, последвано от бърза смърт. За превенция – чести смени на вода, особено в ранните фази на установяване на екосистемата.