процеса на нитрификация е превръщането на амоняк ( NH3 ), за да нитрити (NO2 - ) и по-нататъшно превръщане на NO2 до нитрати ( NO3 - ) . Нитрифициращи бактерии - които изискват богата на кислород среда, в която да функционира - са отговорни за този процес . Nitrosomonas и Nitrobacter са двата щама, най- често се срещат в аквариумни условия. Нитрифициращите бактерии виреят , когато нивата на кислорода са на 80 процента насищане. Тези бактериални щамове се развиват най-добре в вода с температура между 77-86 градуса по Фаренхайт . Нитрифициращите бактерии са чувствителни към хлор в чешмяната вода и към някои медикаменти аквариум .
Денитрифициращите бактерии
денитрифициращите бактерии превръщат NO3 - с азотен газ ( N2) . Тези бактерии са хетеротрофни и функционират като се използва органичен въглерод или водород като донор на електрони и нитрат като акцептор на електрони . Водородът или органичен въглерод се окислява до вода или въглероден диоксид и NO3 - се редуцира до N2 , който напуска аквариум чрез повърхностните води . Денитрифициращите бактерии могат да оцелеят само в кислородни лоша среда и изискват специален биологичен материал в рамките на отделението на филтъра , в които да растат .