Успокояващата, цветна среда на солен аквариум се превръща в битково поле, когато вредителите навлязат. Повечето от тези вредители инфилтрират резервоара чрез замърсени скали или инфектирани риби. Без правилна грижа, скъп аквариумен сетап може да се превърне в рибно гробище. С малко знание обаче, собствениците на солени аквариуми могат да се отбранят от някои от най-честите вредители.
Плоски червеи
Плоските червеи атакуват няколко вида корал, често използвани в солени аквариуми. Два вида аквариумни плоски червеи са станали преобладаващи в САЩ. Най-честият, ръджавокафяв плоски червей, пояжда симбиотичните микроорганизми, живящи вътре в корал. Ръджавокафявите плоски червеи се размножават достатъчно, за да покрият корал и да блокират съществената светлина от достигане на корал. Акропора-ядещи плоски червеи, друг преобладаващ плоски червей в САЩ, консумират корал от род Акропора. Непрозрачният цвят на акропора-ядещия плоски червей може да го направи труден за локализиране в аквариум. Ниски нитратни нива превентират инфестации от плоски червеи.
Мехурчести водорасли
Често срещаните "мехурчести водорасли" включват няколко вида водорасли, които инфестират солени аквариуми. Името идва от мехурчестообразната структура, които водораслите създават. Мехурчетата инкубират спори, които в крайна сметка се разпространяват на други части на аквариума. Високи нитратни нива във водата помагат на водораслите да закоренят и се размножават. Следователно, ниски нитратни нива превентират растежа на мехурчести водорасли. Физическото премахване на водораслите в ранна фаза също работи.
Аиптазия анемони
Докато няколко вида анемони са добри добавки към аквариум, един вид не е. Инвазивната аиптазия анемона се прикрепя към скали, корал и стъкло. Когато бъде заплашена, видът се отлепва от обекта и плува към безопасност. Аиптазия анемоните се размножават асексуално и растат нови анемони от отсечени части. Видът използва жалителни клетки за защита, подобно на медузи. Тактиките за оцеляване на анемоната могат да направят физическото премахване трудно. Някои собственици на аквариуми добавят естествени хищници, като пипермени креветки ибергхия, за да елиминират аиптазия инфестациите.
Цианобактерии
Въпреки че често се наричат "синьо-зелени водорасли", цианобактериите приличат на водорасли само във форма. Цианобактериите коагулират в плоскостно- colonia вътре в аквариум. Някои стъмпове на цианобактерии не представят заплаха, докато други стъмпове освобождават невротоксини и други отрови във водата. Голям инфестация от отровни цианобактерии бързо убива всички растения и риби в аквариума. Антибиотиките работят добре срещу цианобактерии, но могат да увеличат риска от създаване на антибиотично-устойчив стъмп на бактерията.