Докато черните каймани са върхови хищници в средата си, те имат някои хищници, макар и не много:
- По-големи каймани: Възрастни черни каймани могат да бъдат претоварени от по-големи представители на собствения си вид.
- Ягуари: Известни са, че понякога ловят възрастни черни каймани.
- Анаконди: Големи зелени анаконди са убивали и консумирали възрастни черни каймани.
- Хора: Жертви на бракониерство за кожа и месо.
Плотояждането върху възрастни черни каймани е относително рядко, тъй като те са мощни и добре оснастени за самозащита.