Точните числа са трудни за определяне, защото статистиките за лов и търговия често са непълни, а ягуарите обитават обширни, отдалечени райони.
Ягуарите са класифицирани като „Почти застрашени“ от IUCN, а браконьерството е водеща причина за смъртност в някои региони. Оценките са, че стотици или дори хиляди се убиват ежегодно. Например, изследване от 2013 г. в бразилската Амазонка пресметна около 2,000 убити ягуара всяка година поради лов и човешко-животински конфликт.
Търсенето на кожи, зъби и други части — особено в азиатски пазари за традиционна медицина и бижутерия — движи нелегалната търговия. Опазателни групи и правителства работят за борба с браконьерството, но обширнитеобитации и високите цени затрудняват прилагането.