Някои от най-опасните болести, засягащи коне, са наследствени, което означава, че са повлияни от генетиката.
Дефицит на гликогенен разклоняващ ензим
GBED е генетична болест, открита при квартер коне и родствени породи. Болestта винаги е фатална, със смърт, настъпила в утробата или в рамките на четири месеца от раждането.
Наследствена еквина регионална дермална астения
Тази болест е най-често срещана при квартер коне, произхождащи от великия мерин Poco Bueno. Коне с HERDA обикновено живеят само две до четири години. Тази болест причинява разделяне на слойовете на кожата поради дефект на колагена.
Хиперкалемична периодична паралич
Коне с HYPP имат произход, включващ легендарния квартер мерин Impressive. Коне с HYPP често преживяват мускулни проблеми, сулуци и дори сърдечен недостатък от болестта.
Рецидивиращо натоварваемо рабдиомиолизис
Тази болест е генетична форма на "сгъстване" (tying up), честа при млади пуребlood магарици, особено тези в тренировка за състезания. RER може да се управлява с хранене на ниско-нишарчева диета и внимателно управление на упражненията.
Полисахаридно депониране на миопатия
PSSM е генетична форма на "сгъстване", която включва мускулни щети и неспособност за движение. В контраст с RER, тази болест засяга квартер коне, тежки породи и кросбредове. PSSM също може да се управлява чрез намаляване на нишарчето и управление на режима на упражнения на коня.
Overo летална бяла синдром
Тази болест засяга paint и pinto коне. Леталните бяла жребчета са изцяло бели и имат непълен травителен тракт. OLWS винаги е фатална в утробата или в рамките на няколко часа от раждането. За да се предотвратят летални бяла жребчета, кътниците не трябва да кръстосват два коня с overo оцветяване или племенение.