Загуба наобитания
Изрязване на гори за дървосека, земеделство и минно дело, заедно с строителство на пътища, фрагментира и унищожаваобитанията на ягуара.
Човешки конфликт
Хищничество върху добитък води до отмъстителни убивания, и нелегално ловене за кожа и части от тялото продължава.
Други заплахи
Климатични промени, болести и замърсяване допълнително заплашват ягуарите. Като ключови видове, техната загуба би нарушила тропическите екосистеми. Опазването включват защитени зони, ангажиране на общности и антибраконьерски мерки.