Ягуарите предпочитат плътна растителност с достъп до източници на вода, тъй като са квалифицирани плувци и често ловуват и пият близо до водни тела. Те установяват домашни диапазони, които варират по размер в зависимост от наличието на плячка, но диапазоните на мъжете могат да покрият няколкостотин квадратни километра.
В рамките на своите местообитания ягуарите играят решаващи екологични роли като топ хищници, помагайки да поддържат екосистемния баланс, като регулират популациите на плячка. Те са самотни животни и често заемат местообитания с различни видове плячка, като елени, пекари, капибари, тапири и много други.
Усилията за опазване на ягуарите включват запазване и защита на техните местообитания, за да се гарантира дългосрочната оцеляване на тези великолепни и екологично важни котешки хищници.