Загуба и фрагментация на биотоп: Първичната причина за спадането на черноногата фретка беше загубата и фрагментацията на нейния биотоп. Тези фретки зависят от колинии на прерийни куници за укритие, храна и размножаване. Въпреки това, масовото изтребяване на прерийни куници поради човешко преследване, болести и преобразуване на биотоп за земеделие и урбанизация доведе до загуба на жизненоважен биотоп за черноногатите фретки.
Болести: Друг критичен фактор, допринесли за застрашаване на черноногатите фретки, беше предаване на болести от домашни фретки и други месоядни. Чипеш, кучеш хепатит и бешенство са сред болестите, които се оказали смъртоносни за черноногатите фретки, допълнително намалявайки техните вече намаляващи популации.
Малък размер на популация и генетично разнообразие: Черноногатите фретки имат естествено малки популации, което ги прави по-уязвими на въздействията от загуба на биотоп и болести. В допълнение, техните ограничени генетично разнообразие увеличава риска от инбрийдинг и намалява способността на вида да се приспособи към променящи се екологични условия.
Хищничество: С намален биотоп и намалени популации, черноногатите фретки станаха по-уязвими на хищничество от по-големи хищници като койоти и барсуци. Това допълнително допринесе за спадане на техните популации.
Поради тези комбинирани фактори, популацията на черноногата фретка спадна до точката на почти изчезване в дива природа до средата на 20-ти век. Опазвани усилия, включително програми за размножаване в неволя и реинтродукция, помогнаха за връщане на вида от ръба, но те остават критично застрашени и се сблъскват с текущи предизвикателства за техното přeживяване.