Зоопланктонът не е заплашен като цяло. Той обхваща разнообразна колекция от малки водни животни, намерени в много жилища. Определени видове могат да преживеят локални спада заради замърсяване или разрушение на жилище, но това са локални проблеми, които не засягат всички зоопланктонни популации.