1. Загуба на обиталище
Изрубяване на гори и преобразуване на земи за земеделие, дървообработка и урбанизация намаляват обширните територии, от които ягуарите имат нужда.
2. Лов
Ягуарите се ловят за козина, зъби и части от тялото, продавани на черния пазар за традиционна медицина и люксозни вещи.
3. Конфликт с хората
Ягуари, които ловят стокарство, често се убиват в отмъщение или от страх за човешка безопасност.
4. Климатични промени
Променящият се климат засяга обиталищата на ягуарите и наличността на добыв, затруднявайки оцеляване и размножаване.
5. Липса на генетично разнообразие
Фрагментация на популациите и инбрийдинг намаляват генетичното разнообразие, увеличавайки чутливостта към болести и намалявайки приспособляемостта.
6. Нелегална търговия
Ягуари и техните части се търгуват нелегално за зоопарци, частни колекционисти и традиционна медицина.