Мускусовите плъхове са билковъдни и предпочитат сукюлентни водни растения. Те използват остри сеченци за рязане на тръстика, катайник и други подводни растения. Техната диета също включва корени, зеленчуци и плодове.
Зимата, когато пресната вода заявява, мускусовите плъхове разширяват диетата си до дървенски кора, орехи, семена и вътрешните корени на водни растения, достъпни под леда.