Теорията на еволюцията оказа дълбоко влияние върху начина, по който видовете са класифицирани. Преди появата на еволюционната теория видовете са класифицирани въз основа на техните физически прилики, с малко отношение към техните еволюционни отношения. Еволюционната теория обаче въведе концепцията за общото произход, в която се посочва, че всички живи организми са произлезли от общ прародител. Това доведе до развитието на филогенетична класификация, която групира видове въз основа на техните еволюционни връзки, а не на физическите им прилики.