Традиционните хранителни мрежи често изобразяват екосистемите като линейни вериги, като един организъм яде друг по последователен начин. В действителност обаче екологичните взаимодействия са много по -сложни и взаимосвързани. Много организми консумират различни хранителни източници и техните диети могат да варират в зависимост от фактори като наличието на ресурси и конкуренцията. Освен това видовете могат да си взаимодействат по не-предразполагащи начини, като например чрез взаимност или коменсализъм. Чрез опростяване на сложността на екологичните взаимодействия, традиционните хранителни мрежи не могат да уловят пълния набор от динамики, които се появяват в екосистемите.
Те не отчитат косвените ефекти:
Традиционните хранителни мрежи предимно се фокусират върху директни взаимодействия между хищници и плячка. Въпреки това, много екологични ефекти са косвени и могат да възникнат чрез множество трофични нива. Например, отстраняването на топ хищник може да доведе до увеличаване на популацията на неговата плячка, което от своя страна може да повлияе на изобилието от други видове, които взаимодействат с видовете плячка. Традиционните хранителни мрежи често пренебрегват тези косвени ефекти, които могат да имат значителни последици за динамиката на екосистемата.
Липсва им информация за силата и честотата на взаимодействията:
Традиционните хранителни мрежи обикновено показват само наличието или отсъствието на взаимодействия между видовете, но те не предоставят информация за силата или честотата на тези взаимодействия. Тази информация е от решаващо значение за разбирането на структурата и динамиката на екосистемите. Например, силно взаимодействие между хищник и видове плячка може да има по -голямо влияние върху екосистемата, отколкото слабото взаимодействие. По подобен начин честотата на взаимодействията може да повлияе на цялостното въздействие на хищник върху неговата плячка. Игнорирайки силата и честотата на взаимодействията, традиционните хранителни мрежи могат да опростят сложността на екологичните отношения.
Те са статични и не отчитат динамиката на временната:
Традиционните хранителни мрежи често се представят като статични снимки на екосистемите, но екологичните взаимодействия непрекъснато се променят с течение на времето. Популациите на видовете се колебаят, новите видове могат да влязат в екосистемата и съществуващите видове могат да изчезнат. Тези промени могат да променят структурата и динамиката на хранителните мрежи и традиционните хранителни мрежи, които не отчитат времевата динамика, може да не успеят да уловят пълната сложност на екологичните системи.