Шетландските овчарки са общо взето здрави, но склонни към определени наследствени състояния, включително аномалия на очите наколие, прогресивно ретинално атрофиране, дисплазия на тазовия и локтевия став, IVDD, епилепсия и хипотиреоз.
Други проблеми включват алергии, кожни проблеми, затегление и зъбни проблеми. Редовни ветеринарни прегледи, отговорно разведене и превентивни грижи са съществени за дълъг и здрав живот.