Ако трансгенни стопански животни се размножават с диви популации, техния генетичен материал може да промени дивия генен фонд, потенциално намалявайки приспособеността и адаптивността. Те могат също да въведат патогени или вредни вещества в дивите животни чрез контакт. Такива исходи биха могли да имат сериозни негативни ефекти върху естествените екосистеми.