Най -важният фактор, допринасящ за застрашаването на мексиканския вълк, е загубата на местообитания. Това до голяма степен се дължи на превръщането на естествените местообитания в селскостопански и градски райони. В резултат на това мексиканските вълци са загубили достъп до своята естествена плячка и подходящи обекти на Denning.
2. Лов и улавяне
В исторически план мексиканските вълци бяха ловувани и хванати за козината си и като средство за контрол на хищници. Това безразборно убийство на вълци допълнително намали населението им.
3. Хибридизация
Мексиканските вълци са тясно свързани с койоти и е документирано междуверизиране между двата вида. Хибридизацията може да доведе до разреждане на генетичната цялост на мексиканския вълк и загуба на уникални адаптации, които са от съществено значение за оцеляването в естествената им среда.