Загуба и деградация на местообитания :Сейшелският прилеп разчита на местните горски местообитания за почивка и търсене на храна. Обезлесяването за селско стопанство, дърводобив и развитие е довело до фрагментирането и намаляването на тези гори, което значително намалява наличните местообитания за този вид.
Лов и улавяне с капани :Сейшелският прилеп понякога се ловува за храна или се използва в традиционната медицина. Освен това те могат да попаднат в капан в мрежи, поставени за други животни.
Въведени хищници :Въвеждането на неместни хищници, като плъхове, котки и мангусти, също е допринесло за упадъка на сейшелския прилеп. Тези хищници се хранят с прилепите, техните малки и местата им за почивка.
Малък размер на населението и генетична уязвимост :Сейшелският прилеп има малка популация и е силно локализиран, което го прави по-податлив на въздействието на загуба на местообитания, лов и хищничество. Малкият размер на популацията също ограничава генетичното разнообразие, увеличавайки риска от кръвосмешение и намалявайки способността на вида да се адаптира към променящите се условия на околната среда.
Промяна на климата :Променящите се климатични модели, като повишени температури и променени валежи, могат да повлияят на наличието на храна и местата за нощувки, като допълнително изострят предизвикателствата, пред които е изправен сейшелският прилеп.
Продължават усилията за опазване на сейшелския прилеп и неговото местообитание, включително създаване на защитени зони, възстановяване на местообитанията и мерки за контрол на хищниците. Въпреки това, видът остава критично застрашен и изисква непрекъснат мониторинг и консервационни интервенции, за да се гарантира дългосрочното му оцеляване.