Конкретни записи за животни в мисия Сан Хосе (Миссия Санта Клара) са скъси, но испанските калифорнийски мисии обикновено поддържаха:
Стопански животни
* Говедо за месо, мляко, кожи и труд.
* Овце за вълна.
* Коня за транспорт и работа.
* Свини, кози и кокошки за месо и яйца.
Други животни
* Кучета за пазене и лов.
* Котки за контрол на гъзеци.
* Магаре за транспорт на стоки.
Точните животни варираха според ресурсите и нуждите на мисията. Коренните хора също използвали местна дива природа за храна и духовни цели.