Синьите китове се сблъскват с природни предизвикателства като наличност на храна, хищничество върху малките, климатични промени и болести. Човешките заплахи включват сблъсък с кораби, за плътене в рибарска уреди, шумово замърсяване и нарушаване на биотопа.
Защитните усилия като международни споразумения, морски защитени зони, изследвания и обществено осведомяване имат за цел да пазят тези величествени същества за бъдещите поколения.