Императорските пингвини се сблъскват с няколко природни врага:
- Леопардови фоки: Главни хищници, нападащи пингвини, пътуващи между колонии и океан.
- Косатки: Връхови хищници, ловящи пингвини в отворена вода.
- Скуи: Хищни птици, насочени към яйца и птенца близо до колонии.
- Голям петрел: Големи морски птици, хранящи се с яйца и птенца.
- Южни слонови фоки: Рядко ловят императорски пингвини.
- Снежни петрели: Могат да се хранят с непазени яйца или птенца.
- Полярни мечета: Рядко се срещат, но могат да ловат пингвини, ако им се даде шанс.
Императорските пингвини се защитават, като остават бодри, образуват гъсти групи и използват силните си плувателни способности. Екстремното антиктично време също ограничава някои хищници през сезона за размножаване.