Основната заплаха за лисиците фенек е загубата на тяхното местообитание. Лисиците фенек живеят в Северна Африка и Близкия изток, където местообитанието им бързо се унищожава от човешки дейности, като селско стопанство, урбанизация и минно дело. Тъй като тяхното местообитание е унищожено, лисиците фенек са принудени да се преместват във все по-малки райони, което ги прави по-уязвими за хищници и болести.
Лов и улавяне с капани
Лисиците фенек също се ловуват и залавят заради козината си. Козината им се използва за направата на дрехи и други продукти. В някои райони лисиците фенек се ловуват и за спорт.
Промяна на климата
Изменението на климата също е основна заплаха за лисиците фенек. Изменението на климата води до разширяване на пустинята Сахара, което намалява размера на местообитанията, достъпни за лисиците фенек. Изменението на климата също причинява по-чести и тежки засушавания, което може да затрудни намирането на храна и вода за лисиците фенек.