* Загуба на местообитания: Унищожаването на местообитанието на Little Blue Penguin е основна заплаха за вида. Това може да бъде причинено от различни фактори, включително крайбрежно развитие, замърсяване и изменение на климата.
* болест: Малките сини пингвини са податливи на редица заболявания, включително птичи холера, аспергилоза и кокцидиоза.
* Човешка намеса: Малките сини пингвини могат да бъдат нарушени от човешки дейности, като лодки, риболов и плуване. Това може да доведе до стрес, нараняване и дори смърт.