Ню Мексико е богато на биологично разнообразие, класирано на четвърто място по брой местни видове от NatureServe. Ню Мексико е сухо, с относително ниско разнообразие на земноводни и пресни водни видове. Въпреки това, тази суха среда предоставя подходящ дом за редица паяци, други паякоподобни и насекоми.
Бозайници
Ню Мексико има разнообразие от животни, местни за щата. Видове бозайници включват канадски рис, Ганнисънска прериен куче, чернопаст ферет, по-малък дългонос прилеп, мексикански дългонос прилеп, пустнен джебовиден подземен хомяк, Пенаско чипмънк, бърза лисица, жълтоносен хлопков плъх и сив вълк. Ягуарът, който е най-големият местен американски котка, се смяташе, че е изчезнал от Югоизтока, докато не е засечен в Ню Мексико през 1996 г.
Риби
Сред рибите, Ню Мексико има гълъбова пипърка, Рио Гранде отсечена пастърва, окръжна пипърка, Гила пипърка, Зуни блухед зъкер, Гила топминноу, Рио Гранде сиребрена минога, Чиуауа пипърка, спайкдейс, Уайт Сандс пупфиш, сив редхорс и Сонора сакер. Лоч минноу също живее в Ню Мексико. Лоч минноу снеса от 5 до 250 яйца под изплатено камък.
Земноводни
Местни за Ню Мексико видове земноводни включват Жемез Маунтинс саламандра, Чирикахуа леопардска жаба, бореална рокола, низинна леопардска жаба и Сакраменто Маунтин саламандра. Местните пресмявщи се на Ню Мексико включват мексиканска лентична змия, пясъчен дюнен гъщер, щипка, сивопетна уиптейл и тесенглав лентична змия. Ню Мексико ридженоуз щипка, смятана за застрашена, продължава да прави дома си в пустините на Ню Мексико.
Птици
Много птици видове са местни за Ню Мексико, включват по-малкия прериен пиле, шпратовия пипит, жълтобил кukuвка, най-малкият тирън, северен апломадо фалкон, югоизточен विलов флайкетчър, викащ жерав, планински пловер, мексикански петен ъгъл, американски перigrин фалкон, арктически перigrин фалкон и усат скрийч сов. Присъствието на западния буравчик в Ню Мексико е станало все по-слабо и сега се счита за вид на загриженост.
Безгръбначни
Има много видове в безгръбначната група на Ню Мексико, и артроподи, и молюски. Артроподите включват Ноелов амфипод, анимас минут мъх божка, Антони блистер божка, бонита дъйвинг божка, пустнен вицерой пеперуда, вапенест тигър божка, Ню Мексико силверспот пеперуда и регал силверспот пеперуда. Сокоро изопод е акватичен изопод, различен от наземните си роднини; той оцелява само в остатъците на един термален спа в Ню Мексико. Новомехикански молюски включват чупадера спрингснеил, Гила спрингснеил, техас хорншел, толтекус чиуанус тисячоног, дона ана талуснеил, пекос спрингснеил и Сангре де Кристо пийклам.